Microbiologia virologia

L’Unità Operativa Complessa di Microbiologia e Virologia (UOC MV) è un laboratorio mono specialistico dedicato alla patologia infettiva. La struttura svolge attività di diagnostica clinica in vitro sia per i pazienti ricoverati negli ospedali a gestione diretta ASL Roma 1, sia per i pazienti ambulatoriali.
Missione
La Microbiologia clinica deve garantire la diagnosi e favorire la prevenzione e la terapia delle malattie da agenti trasmissibili, attraverso attività di sostegno ai curanti e ai programmi di sanità pubblica; deve assicurare la sorveglianza delle resistenze ai farmaci antimicrobici e deve promuoverne l’uso appropriato. Ciò comporta non soltanto un impegno nelle attività di laboratorio in senso stretto, ma anche un forte ruolo di consulenza ai clinici, la partecipazione alla sorveglianza delle infezioni legate all’assistenza (ICA) e dell’antimicrobico resistenza (AMR), una funzione proattiva ed educativa nei confronti della implementazione dell’appropriatezza diagnostica.
La Microbiologia Virologia richiede una formazione specialistica dedicata ed un approccio professionale peculiare e specifico. I bisogni assistenziali, ai quali la Microbiologia Virologia è chiamata a rispondere, richiedono una diagnosi eziologica rapida e accurata per instaurare una terapia corretta, contenendo indirettamente la morbilità e mortalità. Questo approccio, tra l’altro, concorre a ridurre la pressione farmacologica, che è alla base dell’anti microbico resistenza.
Chi siamo
UOC MV è nata nel 1997, come risposta all’esigenza di destinare stabilmente un gruppo di operatori alle aree specialistiche della virologia (molecolare e immuno-diagnostica) e della batteriologia clinica. La struttura si è poi modificata per affiancare le necessità dell’ex Azienda Ospedaliera San Filippo Neri e della relativa Commissione Infezioni Ospedaliere (CIO). Attualmente, UOC MV gestisce i fabbisogni diagnostici dei presidii S. Filippo Neri (trasformatosi da azienda a vocazione chirurgica a ospedale integrato con il territorio), S. Spirito in Sassia, Oftalmico, Nuovo Regina Margherita, Centro S. Anna, nonché di un’ampia rete territoriale, composta da circa 60 strutture richiedenti (ambulatori, Case della Salute, centri CAD, consultori, SERD, etc.). Nel marzo 2020 UOC MV è anche laboratorio della rete CoroNet Lazio, dedicata alla diagnostica di SARS-CoV-2.
Rete e bacino d’utenza
La UOC Microbiologia Virologia è situata presso l’ospedale Ospedale San Filippo Neri (SFN) ed è configurata come laboratorio specialistico pubblico, nell’ambito della rete ospedaliera regionale. UOC MV fa parte del Dipartimento dei Laboratori della ASL Roma 1.
UOC MV è coordinata in termini funzionali con la Patologia Clinica (UOC PC) dell’ospedale SFN (cosiddetto laboratorio LEC-S, HUB n.3 del DCA 238/2017 Regione Lazio) e con i relativi SPOKE, presentandosi all’utenza come Laboratorio Logico Unico (LLU).  Il bacino di utenza di UOC MV è rappresentato da quello della stessa ASL Roma 1 e comprende le reti di presidii e ambulatori ex AO S. Filippo Neri, ex ASL RME, ex ASL RMA (per una popolazione residente superiore al milione di abitanti). È attiva una integrazione della diagnostica di laboratorio con ASL Roma 4, per lo svolgimento di indagini specialistiche. Il carico di lavoro di UOC MV è attualmente superiore ai 500 mila esami anno (utilizzando il CUR come parametro di produttività); circa due terzi degli esami sono svolti a favore dell’utenza territoriale non ospedaliera.
Attività durante l’emergenza COVID-19
Tra le sfide maggiori affrontate dalla UOC MV vi è stata quella di garantire una continuità assoluta alla diagnostica biomolecolare, sierologica e antigenica per SARS-CoV-2, cercando di contenere quanto possibile i tempi di riposta (Turn Around Time).  Di fatto, è stato richiesto di trasformare una diagnostica specialistica un tempo riservata a casi selezionati (in particolare il test RT Real Time PCR, il cosiddetto “tampone molecolare”) in una sorta di routine massiva e accelerata, a beneficio dei pazienti ricoverati, del territorio (drive-in, scuole, RSA, etc.). Questa richiesta è stata una sfida complessa, per la necessità di smaltire ininterrottamente carichi di lavoro discontinui, in funzione dell’andamento epidemico. Da marzo 2020 a ottobre 2022, UOC MV ha processato circa mezzo milione di test molecolari COVID-19, oltre a un gran numero di test antigenici e sierologici. La diagnostica per SARS-CoV-2, per le finalità di ricovero degli ospedali interni, è tuttora in essere, soprattutto mediante test antigenici in microfluidica.
Offerta
UOC MV è operativa in regime H24 su 7gg per le esigenze degli ospedali collegati. Per i pazienti esterni l’accesso alle prestazioni avviene tramite il sistema ReCUP; il prelievo/consegna dei materiali biologici è effettuabile – come per qualunque altro tipo di analisi cliniche - in uno dei molti ambulatori prelievi aziendali. Il ritiro dei referti, in formato digitale, è gestito dalla piattaforma regionale Lazio Escape www.salutelazio.it/scarica-il-tuo-referto, oppure sul fascicolo sanitario elettronico https://www.salutelazio.it/fascicolo-sanitario-elettronico1  .
UOC MV è un laboratorio dotato di elevati livelli di automazione e informatizzazione, a garanzia della tracciabilità dei processi. La richiesta d’indagini microbiologiche dai reparti è effettuata mediante interfaccia web (dotata di un filtro per la richiesta di esami duplicati o inappropriati). Lo stesso software web è utilizzabile anche per la visualizzazione e la stampa in reparto dei referti validati elettronicamente. Un sistema analogo gestisce i collegamenti con gli ambulatori prelievi esterni e il ritorno dei referti con firma digitale.
Operatività
Attualmente la maggior parte delle richieste e dei referti si muove nella via informatica.  Il sistema gestionale di laboratorio presiede all’intero processo lavorativo: accettazione, check-in dei campioni, pianificazione del lavoro, collegamento con le strumentazioni, refertazione, etc. La parte più rilevante delle colture microbiche è gestita mediante sistema di semina automatizzata; l’automazione interessa anche la preparazione degli esami batterioscopici   La totalità dei campioni di sierologia infettivologica è lavorata direttamente sulla provetta primaria del paziente; lo stesso accade per le emocolture, la virologia molecolare COVID-19, HBV, HCV, HIV, i test IGRA per TB.  La tecnologia barcode è utilizzata per tracciare la lavorazione dei campioni secondari e le piastre per colture. Il referto è prodotto al termine di un processo che prevede tre livelli di controllo (validazione tecnica, clinica; firma elettronica). L’automazione strumentale coinvolge molte linee del laboratorio: ricerca di anticorpi e antigeni, ricerca di DNA e RNA microbici e virali, colture e identificazioni microbiche, etc.
Qualità 
Il laboratorio persegue una politica di miglioramento della qualità, con particolare attenzione alle procedure di prelievo dei campioni biologici e alla lavorazione secondo linee guida e tecnologie accreditate. UOC MV esegue e registra con regolarità il controllo di qualità (QC) interno per sierologia, immuno-diagnostica e biologia molecolare; aderisce ad un ampio pannello di QC di terza parte per la sierologia infettivologica, sotto l’egida del Australia’s National (Serology) Reference Laboratory (NRL); utilizza ceppi standard per il QC batteriologico; aderisce da molti anni - per un amplissimo ventaglio di linee - al programma di controllo qualità esterno (VEQ) gestito dal “United Kingdom National External Quality Assesment Service” e, per alcuni parametri, anche a quello di Instand (Society for Promoting Quality Assurance in Medical Laboratories, DE) .
Tutto il personale presente nella UOC MV – medici, biologi e tecnici di laboratorio – dispone di una poliennale esperienza nel campo specifico della microbiologia virologia, acquisita in loco e presso altre, analoghe, strutture specialistiche. Lo stesso staff, inoltre, dal 2017 è coinvolto in un progetto strutturato e regolare di audit clinico-organizzativi, a valenza ECM, per il miglioramento continuo della qualità diagnostica.
Dal gennaio 2011 la UOC Microbiologia e Virologia esegue e referta gli antibiogrammi in accordo alle linee guida europee EUCAST (UOC MV è stato, di fatto, il primo laboratorio clinico regionale a aderire allo standard europeo). Ogni anno, in concomitanza con la pubblicazione dei “Clinical Breakpoints” Eucast, il laboratorio aggiorna le sue procedure e la sua refertazione.
Fin dalla prima adozione delle regole EUCAST, inoltre, allo scopo di migliorare le prescrizioni antibiotiche, il laboratorio si è anche dotato di un sistema informatico di refertazione intelligente degli antibiogrammi. Il sistema controlla, in modo flessibile, la congruità dei risultati ma anche la “visibilità” degli antibiotici di maggiore impatto ecologico presenti nell’antibiogramma. Con questo progetto, il gruppo della UOC MV intende rendere operative le indicazioni sull’uso prudente degli antibiotici.

Attività esterne
Dal 2000, la UOC MV lavora in stretta collaborazione con le Direzioni Sanitarie (aziendali e di presidio) con le diverse Commissioni per il Controllo delle Infezioni correlate all’Assistenza (CCICA), con l’Igiene Pubblica (SISP). Report semestrali su epidemiologia di microrganismi e resistenze antibiotiche negli ospedali SFN e SSP vengono prodotti per supportare interventi preventivi o regolare la terapia empirica. Sono inoltre pubblicate annualmente tabelle di suscettibilità – cosiddetti antibiogrammi cumulativi -  sia per i pazienti ricoverati che per quelli ambulatoriali, tali tabelle sono messe a disposizione dei clinici ospedalieri e del territorio.
In laboratorio, è attivo un sistema giornaliero di allerta su microrganismi sentinella e sospetti episodi epidemici. Il sistema è stato potenziato e automatizzato nel 2022. Con l’avvento della ASL Roma 1, le attività di sorveglianza di laboratorio di ICA sono state incardinate – come da indicazioni regionali - prima nel Piano Annuale del Risk Management (PARM), poi nel Piano Annuale Infezioni Correlate all’Assistenza (PAICA), infine nel Piano Annuale del Rischio Sanitario (PARS) .
Nel 2003 la Microbiologia, insieme con altre strutture dell’ospedale SFN, è stata onorata dall’assegnazione del "premio Regionale all'eccellenza in Sanità per il sistema di sorveglianza attiva delle infezioni ospedaliere in area intensiva". Dal 2007, l’UOC MV ha aderito al progetto pilota nazionale di sorveglianza basata sui dati di laboratorio Micronet (CCM), poi confluito nel sistema di sorveglianza delle resistenze microbiche AR-ISS (Istituto Superiore di Sanità) ed EARS-Net (Centro Europeo di Controllo delle malattie infettive ECDC). Come laboratorio della rete AR-ISS/EARS-Net, UOC MV rileva regolarmente i dati di antimicrobico resistenza nelle infezioni invasive, mettendoli a disposizioni di Regione (SERESMI), ISS, ECDC e partecipa – insieme ad altre unità aziendali - a progetti specifici (SPINCAR, sorveglianza MRSA e C.difficile, ad es.).
Negli ultimi anni, la Microbiologia Virologia MV è stata impegnata nelle attività di sorveglianza e prevenzione AMR previste nel cosiddetto Progetto 7.3 del Piano Regionale della Prevenzione (PRP 2014-2019). UOC MV ha aderito alle iniziative regionali previste nell’ambito del Piano Nazionale di Contrasto dell’Antimicrobico Resistenza (PNCAR 2017-2020). Attualmente è coinvolta nel programma “Misure per il contrasto dell’antimicrobico-resistenza (PP10)”, nell’ambito del Piano Regionale della Prevenzione 2021-2025 e in armonia con le indicazioni del nuovo PNCAR 2022-2025.